野球部の面々が3年に進級し、川藤が二子玉川学園高校の教師に返り咲いた2009年春の新学期。ニコガク野球部には新入生2人がやって来た。1人は有望選手として中学時代から名を轟かせている赤星奨志、もう1人はひょんな誤解から平塚をヒーローと崇めるようになった濱中太陽。しかし、メジャーリーグを目指しているという赤星は「自分には高校野球の練習など必要ない」と横柄で反抗的。本当は頼りない平塚の実態を知った濱中も、理想のヒーロー像を打ち砕かれ、すっかり拗ねてしまう。そんな中、不良生徒2人にからまれた赤星を庇い、御子柴が下腿骨を骨折。夏の予選大会への出場が絶望的となる。ギプス姿で病院のベッドに横たわる御子柴を前に、大会での活躍を誓う部員たち。そんな彼らの決意が、やがて赤星や濱中の心も溶かしていく。 ついに迎えた予選大会。そこには決死のリハビリを経た御子柴の姿もあった。1回戦、2回戦と順調に駒を進め、準決勝でも会心のプレイを見せたニコガクナイン。決勝の相手は、中学時代の安仁屋を生まれて初めての三打席連続三振に追い込んだ相手、川上貞治をピッチャーに擁する笹��高校だ。その笹��側の巧妙な作戦と川上のフォークボールを前に、ニコガクは大苦戦。川上に向けられた安仁屋の闘志も空回りしてしまう。そんな中、若菜に悲劇が……。
果たして、ニコガク野球部は夢の甲子園に行くことができるのか!?

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